الخلافات بين مديري المشروعات و مكتب إدارة المشروعات ما يلي :
- يسعى مديرو المشروعات و مكاتب ادارة المشروعات إلى تحقيق أهداف مختلفة و لذلك تدفعهم متطلبات مختلفة و مع ذلك تتماشى جميع تلك الجهود مع الاحتاجات الاستراتيجية للمنظمة
- يكون مدير المشروع مسؤلاً عن تحقيق أهداف المشروع المحددة ضمن القيود الخاصة به بينما يعد مكتب إدارة المشروعات هيكلاً تنظيمياً له ضوابط محددة يمكن أن تشمل مفهوم المؤسسة
- يركز مدير المشروع على الأهداف المحددة للمشروع بينما يقوم مكتب إدارة المشروعات بإدارة التغيرات لنطاق البرنامج و يمكن اعتبارها فرصاً محتملة لتحقيق أهداف العمل بشكل أفضل
- يراقب مدير المشروع الموارد المخصصة للمشروع من أجل تحقيق أهدافه بأفضل شكل ممكن بينما يدير مكتب إدارة المشروعات استخدام موارد المنظمة المشتركة عبر جميع المشروعات
- يقوم مدير المشروع بإدارة النطاق و الجدول الزمني و التكلفة و جودة المنتجات و حزم العمل بينما يدير مكتب إدارة المشروعات المخاطر و الفرص الكلية و الاعتماد المتبادل بين المشروعات
- يقدم مدير المشروعات تقارير حول تقدم المشروع و المعلومات الأخرى المتعلقة به بينما يقدم مكتب إدارة المشروعات تقارير متكاملة و نظرة المؤسسة للمشروعات داخل نطاق عمله