رغم تعدد المزايا التي تحققها المنظمات المعتمدة لمفهوم التخطيط الاستراتيجي إلا أن ثمة عدداً من المنظمات لاتستطيع استخدامه لأسباب تتعلق بـ:
# وجود بيئة تتصف بالتعقيد والتغير المستمرين بحيث يصبح التخطيط متقادماً قبل أن يكتمل:
# امتناع بعض المدراء عن وضع أهداف لوحداتهم بسبب اعتقادهم بأن لاوقت لديهم من أجل ذلك.
# ظهور المشاكل أمام التخطيط الاستراتيجي يعطي انطباعاً سيئاً عن هذا التخطيط في أذهان المدراء.
# قصور الموارد المتاحة للمنظمة ربما كانت عقبة أمام استخدام مفهوم التخطيط الاستراتيجي.
# التخطيط الفعال يحتاج الى وقت وتكلفة.