رغم تعدد المزايا التي تحققها المنظمات المعتمدة لمفهوم التخطيط الاستراتيجي إلا أن ثمة عدداً من المنظمات لاتستطيع استخدامه لأسباب تتعلق بـ:‏
* وجود بيئة تتصف بالتعقيد والتغير المستمرين بحيث يصبح التخطيط متقادماً قبل أن يكتمل:‏
* امتناع بعض المدراء عن وضع أهداف لوحداتهم بسبب اعتقادهم بأن لاوقت لديهم من أجل ذلك.‏
* ظهور المشاكل أمام التخطيط الاستراتيجي يعطي انطباعاً سيئاً عن هذا التخطيط في أذهان المدراء.‏
* قصور الموارد المتاحة للمنظمة ربما كانت عقبة أمام استخدام مفهوم التخطيط الاستراتيجي.‏
* التخطيط الفعال يحتاج الى وقت وتكلفة.‏