الفرق بإختصار بين الهيكل التنظيمي والهيكل الوظيفي في علم الإدارة هو : أن الهيكل التنظيمي كل يُنظم العلاقات داخل المؤسسة ككل و يحدد المسؤوليات ، بينما الهيكل الوظيفي جزء من الهيكل التنظيمي أي أنه أحد أنواع الهيكل التظيمي و فيه يتم تجميع كل تخصص وظيفي في إدارة واحدة .

ولمزيد من التوضيح فإن :
الهيكل التنظيمي Organizational structure يحدد تقسيم الأعمال بين العاملين و قنوات التنسيق الرسمية و تسلسل القيادة. فالهيكل التنظيمي يُنظم العلاقات داخل المؤسسة و يحدد المسئوليات. يوجد ثلاثة أنواع رئيسية للهياكل التنظيمية وهي :
1- الهيكل الوظيفي Functional Structure .
2 - الهيكل القطاعي Divisional Structure
3 - الهيكل المصفوفي Matrix Structure

فالهيكل الوظيفي Functional Structure : والذي هو محور حديثنا هنا يتم فيه تجميع كل تخصص وظيفي في إدارة واحدة فيكون هناك إدارة مالية واحدة و إدارة هندسية واحدة و إدارة مخازن واحدة و إدارة صيانة واحدة.

★ومن هنا نجد أن الهيكل التنظيمي في علم الإدارة هو : أحد العناصر الرئيسية لعملية التنظيم بينما الهيكل الوظيفي هو أحد أنواع الهيكل التظيمي أو فرع عنه .