رغم تعدد المزايا التي تحققها المنظمات المعتمدة لمفهوم التخطيط الاستراتيجي إلا أن ثمة عدداً من المنظمات لاتستطيع استخدامه لأسباب تتعلق بـ:
* وجود بيئة تتصف بالتعقيد والتغير المستمرين بحيث يصبح التخطيط متقادماً قبل أن يكتمل:
* امتناع بعض المدراء عن وضع أهداف لوحداتهم بسبب اعتقادهم بأن لاوقت لديهم من أجل ذلك.
* ظهور المشاكل أمام التخطيط الاستراتيجي يعطي انطباعاً سيئاً عن هذا التخطيط في أذهان المدراء.
* قصور الموارد المتاحة للمنظمة ربما كانت عقبة أمام استخدام مفهوم التخطيط الاستراتيجي.
* التخطيط الفعال يحتاج الى وقت وتكلفة.