بالنظر الى حداثة مجال ادارة المعرفة فانه يواجه جملة من الصعوبات من بينها

- كون ادارة المعرفة نظاما لا وال في مرحلة التجربة مما يجعل النتائج المحققة دون مستوى الطموحات.


- نقص وانعدام الدافع لدى المستعملين، على اعتبار أنهم قد لا يرون فائدة من استخدام الاجراءات الخاصة بادارة المعرفة، أو قد يشعرون بعدم ملاءمتها لاحتياجاتهم التنافسية.


- نقص التزام المسيرين بسبب الاجراءات التي لا زالت قيد التجربة، أو لتعارضهم مع ثقافتهم التنظيمية.

- ان الكثير من جهود ادارة المعرفة تخفق وتفشل بعد تقديمها بسبب عدم تخصيص الموارد البشرية والمادية الكافية لنجاحها.


- ان تطبيق مدخل ادارة المعرفة يتطلب فهما كاملا وكافيا للأمد الطويل قبل جهود التطبيق، وعدم مراعاة هذا الأمر ينعكس سلبيا في النتائج الجوهرية للمنظمة

- العزلة، حيث أن منفذي نظام أو برنامج ادارة المعرفة قد يعملون بعيدا عن غيرهم من الموظفين مما يسبب لهم عزلة، مما قد يؤدي الى بناء نظام ادارة المعرفة والعمل به يكون يتماشى مع المعتقدات الشخصية لواضعيه لكنه قد لا يتلاءم مع رؤى الادارة العليا. وهذا بسبب غياب الاتصال بينهم.

- احتكار المعلومات من قبل الادارة العليا التقليدية، حيث تحجز المعلومات، الامر الذي يمنع وصولها للمعنيين وتداولها في المستويات الوسطى والدنيا.

- التوهم بأن الحواسيب هي التي تحفظ المعرفة وليس عقول البشر، فالمعرفة هي ما يعرفه الأفراد وليس ما يخزن في ذاكرة الحاسوب.

- عدم الاهتمام بالمعرفة الكامنة التي يمكن أن يستمد منها المعرفة الصريحة وهذه المعرفة أكثر أهمية من المعرفة الصريحة المعلنة.

- القصور والعجز في اجراء التجارب الموجهة لتوليد المعرفة أو اختبارها أو تطويرها والاكتفاء باستلامها دون معالجة أو التأكد من ملاءمتها للواقع القائم أو لطبيعة المشكلة أو المشاكل المراد حلها.

- ان التحدي الحقيقي الذي تواجهه المنظمات هو اقناع العاملين بها بضرورة مشاركة وتقاسم المعرفة.

- رفض الأفراد في غالب الأحيان نشر معرفتهم، ورفضهم تغيير معارفهم أو طريقة عملهم بمعارف أخرى لأفراد آخرين كطريقة لرفض التغيير.


- صعوبة اقناع العاملين والادارة العليا والمساهمين بضرورة تبني نظام لا تكون نتائجه واضحة ولا تظهر الا بعد أمد طويل مثل نظام ادارة المعرفة.