بعد انتهاء التحقيق يعرض المحقق على صاحب الصلاحية أوراق التحقيق والتصرف النظامي فيها، ويأخذ التصرف أحد الأمور الآتية:

1- حفظ التحقيق، وهو نوعان:

- الحفظ المؤقت: يسمى بالمؤقت لأن نتيجة التحقيق لم تؤد إلى معرفة الفاعل أو يتعذر إسناد الفعل يقينياً إلى شخص ما لعدم توافر الأدلة الكافية، ويوصف الحفظ بأنه مؤقت لأنه قد تظهر أمور جديدة تكشف عن مرتكب الفعل كمستند لم يظهر في التحقيق وظهر بعد الانتهاء منه أو شاهد لم يسبق سماع أقواله فيجوز فتح التحقيق بناء على ذلك .
- الحفظ القطعي: يعني أن المحقق قد توافرت لديه الأدلة المقنعة على براءة المخالف. ويكون ذلك للأسباب التالية:
1- عدم صحة ما نسب إلى الموظف المخالف.
2- عدم وجود مخالفة عن الفعل وذلك إذا رأى المحقق أن الوقائع لاتشكل مخالفة إدارية أو مالية.
3- عدم الأهمية.
4- سبق الفصل في الموضوع لأنه لا يجوز محاسبة شخص عن فعل واحد مرتين.
ويكون لقرار الحفظ القطعي في هذه الحالات حجيته فيترتب على ذلك عدم متابعة الموظف من جديد عن المخالفة ذاتها.

2- الرفع لصاحب الصلاحية لتوقيع الجزاء التأديبي.