عل الرغم من بروز اهمية ابحاث العمليات وفوائدها ، يجب ان لا نغفل حدود هذه الوسيلة اذ انها استخدمت حتى الآن في مجال حل المشاكل التجارية القليلة التعقيد .

ففي المقام الاول علينا مواجهة الامكانات المحدودة للعلوم الرياضية في حل عدد كبير من المشاكل التجارية .

فإن عدداً كبيراً من عوامل التغير والعلاقات المتداخلة في هذه المشاكل ، مضافاً إليها العوامل الانسانية ، يتطلب مستوى من العلوم الرياضية اعلى من المستوى اللازم لاكتشاف اسرار الذرة .

ومما يؤكد ذلك ان احد علماء الرياضيات في هذا العصر وهو "جون فون نيومان " وجد خلال اكتشافه لنظرية الالعاب ان مقدرته الحسابية سرعان ما وصلت الى حدودها عندما حاول حل مشكلة استراتيجية بسيطة .

وثانياً هناك عدد كبير من العوامل التي تؤثر على اتخاذ القرارات الادارية والتي لا يمكن تحويلها إلى كميات وارقام ، وبالرغم من التقدم الذي جرى في استبدال العوامل غير الكمية بالاحتمالات والتقديرات ، وبالرغم من ان الاسلوب العلمي يسعى الى ترجمة العوامل المختلفة إلى كميات ، الا ان جزءا كبيرا من حقل اتخاذ القرارات الادارية يبقى بشكل عوامل غير محسوسة وغير ممكنة القياس .

والى ان يصبح في الامكان تحويل هذه العوامل الى كميات ، تبقى وسائل ابحاث العمليات محدودة الفائدة في حقول اتخاذ القرارات .

ويبقى الكثير من عمليات الاختيار من بين الاحتمالات مبينياً على الادراك غير الكمي .
وهناك ثالثاُ مشكلة ملء الفراغ بين المدير وخبير ابحاث العمليات ، اذ ان المديرين تنقصهم معرفة الاسااليب الرياضية التي يستخدمها عالم الرياضيات ، كذلك فإن علماء الرياضيات ينقصهم تفهم المشاكل الادارية .

واخيرا هناك مشكلة التكاليف الباهظة المترتبة على تطبيق ابحاث العمليات خصوصا في المشاكل العويصة ، اذا ان تحليل العمليات واستخدام الآلات الحاسبة الالكترونية هى اشياء مكلفة وكثير من المشاكل التجارية ليس مهماً الى حد يبرر حله بواسطة هذه الوسائل .