يمكن حصر أهم المشكلات الخاصة بنظام الحوافز فيما يلي:
يعتبر نظام تطبيق الحوافز الخاطئ هو الذي يساوي بين الذين يعملون والذين لا يعملون، وبالتالي تفقد الحوافز قيمتها في استثارة العاملين لبذل الجهد، وبالتالي عندما تكون غالبية الحوافز جماعية تفقد قيمتها، لذلك يجب أن ترتبط القرارات الخاصة باستحقاق الحافز بمعايير تبتعد تماماً عن معدل الأداء ومدى قدرته على تحقيق المطلوب بفاعلية، كذلك من مشكلات الحوافز عدم الاهتمام بالحافز المعنوي مثل الاهتمام بتحسين بيئة ومكان العمل من حيث الإضاءة والتهوية.
الخ، فشعور الموظفين بانعدام الحافز المعنوي المتمثل في مشاركتهم في اتخاذ القرارات والاهتمام بآرائهم ومقترحاتهم.
كذلك سوء استغلال سلطة منح الحافز من جانب بعض الرؤساء الذين يركزون على الجانب السلبي للحافز بصرف النظر عن مؤثراته السلبية على الموظف، وعدم وجود تخطيط فعال للقوى العاملة يؤدي إلى عدم موضوعية الحافز.