تواجه الحوافز المادية مجموعة من الصعوبات ومن أهمها:

- إن تأثير الحوافز المادية يقتصر على مدى حاجة الأفراد إلى النقود، وهذا يرتبط بأعبائهم العائلية وعندما يغطي العمل الذي يقوم به الفرد احتياجاته فإن إنتاجياته بعد ذلك تقل، ولكنها حقيقة غير مؤكدة حيث إنها تختلف من شخص لآخر حسب مدى احترامه وتقديره للعمل الذي يؤديه.

- يختلف أثر الحافز النقدي من مهنة لأخرى ففي حالة الأعمال اليدوية مثل المصانع والحرف فإنهم لا ينظرون كثيراً للترقية بل ينظرون أكثر للمال أما أصحاب المهن الإدارية فيفضلون الشهرة والترقية وتحقيق الذات عن الحوافز النقدية نسبياً مع اختلاف ظروف الحياة وأعبائها من شخص لآخر.

- إن الحوافز المادية أو النقدية وخاصة الفردية تلغي دور الجماعة وتأثيرها وذلك في ظل غياب المنافسة الشرعية، وما تسمى بالمنافسة الإيجابية.

- عدم توافر الميزانية الكافية لتوفير النظام الجيد لهذه الحوافز.

- عدم قدرة العاملين أو المشرفين داخل المؤسسة على القيام بإرساء نظام فعال للحوافز.

- عدم وضوح الرؤية لدى العاملين عن نظام الحوافز القائم داخل المنظمة.

- عدم المصداقية وغياب العدل في توزيع الحوافز واختيار من يستحقونها.