تواجه المشروعات الصغيرة العديد من المشاكل من أهمها:
مشاكل اقتصادية متمثلة بالانكماش الاقتصادي وحصول ركود في قطاع ما، والمنافسة أحياناً.
مشاكل تمويلية: أي صعوبة الحصول على القروض من المصارف نظراً لعدم توافر الضمانات اللازمة التي تطلبها المصارف- وقصور الدراسات التي تقدمها هذه المشاريع من أجل الحصول على القرض.
مشاكل تسويقية: نظراً لعدم اهتمام أصحاب المشروعات بدراسة السوق والتسويق من جراء نقص الخبرات.
مشاكل إدارية تنجم غالباً بسبب ما يلي:
- عدم الاحتفاظ بسجلات محاسبية
- التمادي في البيع الآجل دون تنظيم
- المسحوبات الشخصية المتكررة دون تسجيل
- عدم التفرغ الكامل لادارة المشروع
مشكلة العمالة: تتعلق بتأمين وجود العاملين في المشروعات الصغيرة، من حيث الأجور وقواعد السلامة فضلاً عن مشكلة قلة الخبرات والتدريب.